1400-talet:
Under biskop Henrik Tidemanssons tid utökades på 1400-talet biskopsborgen och bostadsutrymmen inreddes i väster. Det blev ett hus i tre våningar med en stor festsal i andra våningen.

1500-talet:
Den siste biskopen som bodde här var Hans Brask (1523-1527). Föremål från hans kök finns på länsmuseet och matsedlar finns bevarade.
Gustav Vasa övertog borgen 1527. Han kände väl till den eftersom han flera gånger gästat biskop Brask. Kungen lät inreda sina gemak med textilier från kyrkor i trakten.
Johan III har satt de djupaste spåren i slottets byggnadshistoria. Under hans tid tillkom flyglarna och den västra längan gjordes om. Bland annat inreddes här den stora rikssalen som rymde 800 personer.

1600-talet:
Under 1600-talet var slottet delvis obebott och började förfalla. det användes som magasin för regementerna, "fångehus" och kontor för lantmäteriet.

1700-talet:
1727 beslöts att residenset skulle ligga i Linköping och slottet rustades upp. Först bodde landshövdingarna i den södra längan (mot Storgatan) men 1785 flyttade de till den gamla längan i väster.

1900-talet:
Under detta århundrade fungerar Slottet först o främst som bostad och representationsvåning åt landshövdingen i Östergötland län.

2000-talet: År 2000 får byggnaden även en funktion som museum då  Slotts- och domkyrkomuseet får sina lokaler i en av flyglarna.